近年來，深港兩地衛生部門在醫療、科研、教學、管理、人員培訓等方面都有密切的合作，下一步兩地還將更為緊密，共同提升醫療和科研水平。

首先在醫療方面，隨著越來越多的港人在深圳工作和居住，為方便港人在深就醫，深圳市衛生局與香港醫管局合作，在深圳指定了10家醫院可以為港人提供急診醫療服務，港人在深的急診就醫費用是納入香港的醫療報銷體系的。此外，對於需要緊急回港就醫的患者，深圳市衛生部門也與香港的醫療單位建立了聯繫機制，由深圳的急救車送到口岸，香港醫療單位派急救車在口岸負責接病人。

其次，深港兩地衛生行政主管部門的往來也很密切，每年香港醫管局的年會都邀請深圳市衛生局的負責人參加，而兩地每年也輪流舉辦深港醫療管理高層論壇。深圳市衛生局與香港衛生署也經常溝通，在跨境公共衛生協調等方面建立了很好的溝通機制。

第三，雙方在人員的培訓和科研上有很好的合作機制。深圳每年都有十多名醫生到香港接受免費專科培訓，香港中文大學也派出師資來深培訓全科醫生；香港大學、香港科大、香港中文大學等高校與深圳的醫療單位在新發傳染病研究、重大公共衛生事件應對等方面也進行了密切合作，很多高校與深圳的醫療單位也合作建立了實驗室。這些對於提升兩地的醫療和科研水平起到了積極的作用。

下一步，深圳衛生部門還將進一步在醫療、科研、教學等方面與香港進行全方位的合作，如與香港大學已有意向，將新建的濱海醫院作為港大非直屬附屬醫院，交由港大進行學科建設和管理，引入港大先進的管理理念、高水平的醫療團隊和專科技術，在較短的時間內使這家新醫院醫療質量提升到較高的水平，更好地為深圳市民服務；此外，還將把深圳醫學科學研究院交給港大托管，引入其先進的科研管理制度和經驗，借助港大的科研平台快速出成果；同時，正在籌建的深圳市口腔醫院也將交給港大口腔醫院托管；另外，深圳市中醫院也與香港中文大學在中醫領域有合作項目。